Operační program Nadnárodní spolupráce je rozdělen do několika zón. Česká republika patří spolu s Rakouskem, Polskem, částí Německa, Maďarskem, Slovinskem, Slovenskem, částí Itálie a s částí Ukrajiny do zóny střední Evropa.

OP Nadnárodní spolupráce se zaměřuje na spolupráci mezi veřejnými orgány a institucemi s charakterem veřejných orgánů s cílem výměny a přenosu zkušeností především v oblastech inovací, dopravní dostupnosti, životního prostředí a zvyšování atraktivity měst a regionů.

Účelem spolupráce je zajištění dostupnosti znalostí a nástrojů pro vytváření partnerství, aby se předešlo zbytečnému opakování činností a objevování již objeveného.